Список серий:
Серия 1 "Turtle Tracks" / "По следам черепашек"
Сюжет: Журналистке 6-го канала, Эйприл О'Нил, поручают сделать репортаж о таинственных кражах высоких технологий в городе. В течение расследования она узнает, что ворами могли быть ниндзя, воины из Японии. Эйприл и ее съемочная группа приезжают в научную лабораторию, где было совершено ограбление... вдруг их окружают бандиты. Съемочная группа в панике убегает. Бандиты преследуют Эйприл, и она пытается укрыться в канализации. Эйприл загнана в угол размахивающими оружием хулиганами, но вдруг четыре воина появляются из теней и побеждают бандитов. Они – Черепашки мутанты ниндзя! Эйприл падает в обморок, когда видит личности своих защитников.

Черепахи приносят Эйприл в своё убежище, где она сталкивается с гигантской крысой, Учителем Сплинтером, который решает рассказать ей кто они такие...

Несколько лет назад в Японии существовал клан ниндзя, Фут, под предводительством Хамато Йоши, миролюбивого и умного человека, который любил искусство. Один из его учеников, Ороку Саки, постоянно бросал ему вызов, чтобы занять его место. Наконец, ему удаётся сделать так, чтобы Йоши изгнали из клана. Мастер уезжает в Америку, где он вынужден жить в коллекторах. Его единственными друзьями там стали крысы. Однажды, маленький ребенок возвращался из зоомагазина с аквариумом, в котором были черепашки. Споткнувшись, он упал и выронил аквариум. Аквариум разбился, и черепашки попали в канализацию, где их нашёл Йоши.

Тем временем, в Японии, ниндзя Фут, под предводительством Саки, стали бандитами и ворами.

В это время Йоши обнаруживает, что черепашки, покрыты "липкой слизью", которой оказался некий сильный "мутаген". Кто бы ни коснулся этого вещества, принял бы форму любого существа, с которым они последний раз контактировал. Черепахи превратились в человекообразных, из-за их недавнего контакта с Йоши (когда он очищал их), а Йоши преобразовался в крысу из-за его недавнего контакта с грызунами. Эйприл понимает, что Сплинтер - это Йоши.

Сплинтер продолжал, рассказывая, как они получили свои имена. Черепашки прозвали Йоши Сплинтером из-за его мастерства ведения боя, а Сплинтер дал черепахам имена его любимых мастеров эпохи Возрождения. Понимая, что верхний мир был бы для них опасен, Сплинтер, обучал черепашек древнему искусству нинзитцу. А они, в свою очередь, поклялись сделать так, чтобы Сплинтер снова смог стать человеком.

Однако Эйприл не верит, что Черепахи не воры. Она пытается убежать с ее последним экстренным репортажем, но мутанты не дают ей этого сделать. Они, наконец, достигают соглашения. Черепахи помогут Эйприл найти настоящих воров, в то время как она соглашается помогать им.

Черепахи сопровождают Эйприл на улицах города. Они приходят в пиццерию «Ниндзя» - где надеются узнать больше о кражах высоких технологий. В то время как Черепашки наедаются пиццей, Эйприл разведывает местность и наталкивается на Манхэттанские Службы Безопасности. Она заходит в вестибюль и подслушивает отправку регистратором "команды безопасности" в другую научную лабораторию, которая "только и ждет, чтобы быть обворованной." Эйприл звонит в службу 6-го Канала из соседнего телефона-автомата, но её похищают три ниндзя.

Тем временем, Черепашки уже устали ждать Эйприл, и отправляются искать ее. По пути они находят её бумажник и камеру. Черепашки находят девушку, привязанной к стулу на крыше. Но скоро они узнают, что это ловушка, поскольку на них нападают ниндзя. Вскоре черепашки обнаруживают, что их противники - роботы.

Шреддер, наблюдал за битвой через управляемые камеры и узнал стиль борьбы Черепах и понял, что они - ученики Хамато Йоши.

Черепахи побеждают роботов-ниндзя, спасают Эйприл и затем преследуют отступающих ниндзя по крышам зданий. Эйприл и Черепашки теряют ниндзя, но за ними до сих пор следит Шреддер через систему камер. Теперь, более чем когда-либо, он убежден, что этих черепах учил Йоши. Он приказывает, чтобы его пехотинцы отступили к Технодрому и затопили здание. Эйприл и Черепашки мчатся к крыше здания, убегая от потока воды. Они успевают сбежать с крыши за момент до того, как здание взрывается от гидравлического давления.

В логове Черепах Сплинтер изучает униформу одного из роботов-ниндзя. Он убежден, что это - униформа Клана Ноги и что его старый враг, Саки совсем близко.
Серия 2 "Enter the Shredder" / "Внимание: Шреддер!"
Сюжет: Эйприл О’Нил и Черепашки рыскают в канализациях города, в поисках того, что Шреддер, назвал Технодромом, который был расположен под разрушенным зданием Манхэттанские Службы Безопасности. Когда Черепашки приходят туда, они ничего не находят. Эйприл убеждена, что Технодром может передвигаться, и им придется проехать через огромную подземную туннельную систему, чтобы продолжить поиск, но Черепахи предлагают вернуться в логово и сообщить об этом Сплинтеру.

Тем временем, Шреддер, который бесится насчёт того, что его "могущественные пехотинцы были побеждены кучкой Черепах," вызван к Крэнгу. Крэнг - студенистое существо, которое похоже на говорящий мозг: он злодей, как и Шреддер. Благодаря своим обширным техническим знаниям, Крэнг смог предоставить Шреддеру свой легион воинов из Измерения X, чтобы захватить Землю. Шреддер оправдывается перед ним, насчет слабой безопасности Технодрома, в то время как Хамато Йоши, и его Черепахи бродят по коллекторам.

Крэнг предполагает, что когда Шреддер попытался уничтожить Йоши при помощи мутагена, это сделало его более сильным из-за его контакта с крысами. Злодей придумывает план победы над черепахами и Йоши: он превратит своих собственных головорезов в мутантов при помощи мутагена и получит суперсолдат.

Сплинтер убежден, что его старый враг, Саки, является тайным лидером роботов-ниндзя и предлагает свою помощь в поисках Технодрома. В то время как он и Черепахи начинают поиск, Эйприл соглашается вернуться на Шестой Канал, чтобы найти какую-нибудь информацию о Технодроме.

Тем временем, Носорог и Кабан были похищены из городского зоопарка двумя одноколесными роботами, которые прорыли путь через тротуар.

В канализации Сплинтер и Черепахи натыкаются на следы Технодрома.

На Технодроме, Шреддер "убеждает" Рокстеди и Бибопа, двух его подручных головорезов, подвергнуться эксперименту, который сделает их сильнее любого человека.

На студии 6-го Канала, босс Эйприл не впечатлен репортажем Эйприл о воровстве высоких технологий и назначает ей сделать репортаж о краже носорога и кабана из городского зоопарка. На улице Эйприл сталкивается с Черепахами, замаскированными как рокеры. Она убеждает их, что кража из зоопарка может привести их к Технодрому.

Тем временем, Сплинтер определяет местонахождение Технодрома, но его берёт в плен один из Одноколесных роботов.

В зоопарке Черепахи попадают в отверстие, в котором скрылись одноколесные роботы и это приводит их к Технодрому, где они находят трость Сплинтера. Шреддер предлагает, чтобы они вошли в Технодром, если они хотят видеть Сплинтера живым.

После ряда препятствий Черепахи находят Сплинтера. Черепашки вступают в бой с роботами-ниндзя Шреддера. Злодей предлагает Черепахам присоединиться к клану Ноги. Он говорит, что Черепашки "должны ему", потому что, создавая Мутаген, он сделал их такими, какие они сейчас. Когда Черепахи отказываются, Шреддер вызывает видоизмененных Рокстеди и Бибопа, которые были легко побеждены наряду с четырьмя роботами-ниндзя.

Черепахи и Сплинтер возвращаются в город, но Рокстеди и Бибоп преследуют их с лазерными винтовками. Черепахи ещё раз побеждают их, на сей раз приводя их в городской зоопарк и запирая их в клетке.

Эйприл прибывает как раз вовремя, успевает заснять Бибопа и Рокстеди Однако пока Шреддер все еще свободен, история не закончена.

Спустя несколько минут после того, как они уезжают, Одноколёсный дроид выпускает Бибопа и Рокстеди из "тюрьмы", и сообщает им, что Шреддер желает их видеть.
      
Серия 3 "A Thing About Rats" / "Кое-что о крысах"
Сюжет: Под городскими улицами, далеко за пределами логова Черепах, Сплинтер отдыхает после последней схватки со Шредером. Черепахи клянутся найти Технодром и вынудить Шреддера, чтобы он вернул их учителю образ человека.

Тем временем, злодей готовит свою новую операцию в пустынном особняке в центре старого района города. Здесь он распускает партию своих новых маленьких дроидов, снабженными камерами дистанционного управления, чтобы найти источник для нового научного оборудования.

В другой части города ученый-изобретатель по имени Бэкстер Стокман пытается убедить компанию «Контроль за вредителями Аякса» вложить капитал в его последнее изобретение: Маузер, безоружное механическое "существо", которое было создано, чтобы уничтожить крыс в городе. Президент компании, не принимает предложение, считая, что Маузер разорил бы его. Однако демонстрация ученого не осталась незамеченной (благодаря летающим камерам Шреддера). Злодей предлагает Бакстеру сотрудничество.

В то время как Черепахи ворчат о том, что они не могут найти Технодром, но тем не менее не бросают свои поиски. Шреддер возвращается к пустынному особняку с доктором Стокманом и приказывает, чтобы ученый создал основное управляющее устройство, чтобы управлять сотнями Маузеров, которых он планирует собрать к рассвету.

Шреддер возвращается на Технодром, где его компьютеры анализируют опытный образец Маузера и затем начинают его копировать. Когда Шреддер начинает упиваться скорой победой, он вызван Крэнгу, который еще раз требует, чтобы тот предоставил ему тело. Шреддер отвечает, что Сплинтер и Черепахи гораздо более серьёзная проблема, но Крэнг не принимает это и настаивает, что не было бы никакой проблемы, если бы у него было тело, которое Шреддер обещал ему. Крэнг уверен, что Шреддер будет терпеть неудачи снова и снова, пока у него не будет никакого выбора, кроме как сделать Крэнгу тело.

В лаборатории Шреддер слишком нетерпелив, чтобы ждать, пока его машины не скопируют первую партию. Он программирует первые двенадцать Маузеров, чтобы найти и уничтожить Сплинтера.

Сплинтер возвращается в логово Черепах. Он достаточно оправился, чтобы Эйприл могла вернуться к своей привычной жизни и узнать, не уволили ли её с работы. В то время как Сплинтер медитирует, в логове появляются Маузеры Шреддера. Используя свои навыки боевых искусств, Сплинтер в состоянии победить их один за другим, но их все еще много. В логово возвращаются черепашки и помогают своему сенсею. После победы над последним Маузером, черепахи обнаруживают на одной из запчастей подпись "Изобретение Бакстера Стокмана ". Так или иначе, они полагают, что Шреддер с этим как-то связан и решают, что первым делом они должны найти создателя Маузеров, который поместил своё имя на корпусе "смертельных машин". Черепахи предлагают Сплинтеру поехать с ними, чтобы они могли бы защитить его. Сенсей соглашается и полагает, что им опять нужна помощь Эйприл.

В то время как Шреддер кипятится при сообщении, что все двенадцать из его Маузеров уничтожены. Эйприл взволнована скорым появлением черепашек. В то время как она проверяет свои компьютерные файлы на Бакстера Стокмана, Черепахи осматривают её квартиру. Она добывает им фотографию и адрес на Бакстера Стокмана, и провожает их прежде, чем они смогли бы разнести что-нибудь в её доме.

В пустынном особняке, Бакстер закончил Основное Управляющее устройство и отказывается остаться, чтобы увидеть "плоды его труда". Боясь, что Бакстер слишком много знает, Шреддер приказывает, чтобы его Пехотинцы следили за ним. Несколько минут спустя, он отпускает 1 200 Маузеров, чтобы найти и уничтожить Сплинтера, черепах и Эйприл О'Нил.

Бакстер достигает своего дома, но прежде, чем он подходит к двери, его останавливают Пехотинцы Шреддера. Прежде, чем роботы успевают сделать что-то плохое ему, они были уничтожены Черепахами, которые требуют ответов на свои вопросы от ученого. Черепахи убеждают его говорить им о причастности Шреддера к Мышеловам. Бакстер рассказывает им свою историю. Чтобы не терять время Черепахи, "заимствуют" фургон Бакстера. В пути к секретному месторасположению Шреддера, Черепашки понимают, что 12 Маузеров были только разминкой, ведь теперь они столкнулись с 1200 Маузеров! Они возвращаются в квартиру Эйприл.

Только Эйприл убрала беспорядок, оставленный Черепахами, Маузеры Шреддера начинают разрушать стены её дома. Здание разрушается спустя пару минут после спасения Черепахами Сплинтера и Эйприл.

Герои достигают пустынного особняка. Донателло использует оборудование в фургоне Бакстера, чтобы попытаться управлять Маузерами. Микеланджело "избран", для того чтобы вывести Основное Управляющее устройство из строя, но Шреддер захватывает Майки и призывает всех его Мышеловов нападать на других Черепах (наряду со Сплинтером и Эйприл), поскольку они ждут снаружи. Когда похоже, что конец рядом, Крэнг спасает Микеланджело и говорит ему, где он может найти Основное Управляющее устройство. Майки отказывается, но затем принимает помощь Крэнга, когда тот сообщает, что его друзья в опасности.

Микеланджело сталкивается со Шреддером и начинает задирать злодея, тот распаляется от злости и начинает стрелять по черепашек из лазерной винтовки в Майки, который отпрыгивает в сторону от снаряда, что приводит к разрушению Основного Управляющего устройства. Это позволяет Донателло повторно программировать Маузеров (с оригинальным устройством ручного управления), чтобы напасть на пустынный особняк. Поскольку здание разваливается вокруг него, Шреддер отступает к Технодрому.

Черепахи, еще раз, удручаются спасением Шреддера, но решают оставить себе фургон Бакстера Стокмана (и все оборудование внутри), чтобы отследить своего заклятого врага. Как они уезжают, Микеланджело рассказывает друзьям о говорящем мозге.
      
Серия 4 "Hot Rodding Teenagers from Dimension X" / "Крутые тинейджеры из Измерения Икс"

      
Серия 5 "Shredder & Splintered" / "Расщепление Шреддера"